Vandindtaget til Engholm Lystfiskersø er en del at Gudenåens kæmpe system. Vandet kommer fra små tilløb fra naturlige kilder, som samles i en lille bæk, der efter at havde passeret Engholm Lystfiskersø fortsætter ud i Hinge Sø. Vandets fortsatte løb bliver ved Kongens Bro blandes med vandet fra Tange Sø.
Herfra går det mod Gudenåen.
Vandkvaliteten er meget høj, med et iltindhold på mellem 110 og 130 samt en PH-værdi mellem 7,0 og 7,2 har fiskene alle forudsætninger for trivsel.
Vandtemperaturen i søen er altid forholdsvis lav, da der er gennemstrømning af kildevand fra de nærliggende bakker. Dette vand har en temperatur på ca. 7-8 grader, som medvirker til at undgå algevækst samt på varme sommerdage holdes fiskene meget mere aktive.
Da søen har stor vandgennemstrømning er vinterfiskeri muligt det meste af vinteren.